Trước khi được biết đến dưới tên hiện tại, CentOS có nguồn gốc là một sản phẩm của CAOS Linux,[13] được khởi động bởi Gregory Kurtzer.[14]

Tháng 6/2006, David Parsley, nhà phát triển chính của Tao Linux (một nhân bản khác của RHEL), thông báo ngừng phát triển Tao Linux chuyển sang phát triển CentOS. Người dùng Tao chuyển sang CentOS thông qua yum update.[15]

Tháng 7 năm 2009, họ đã thông báo trong một bức thư ngỏ trên trang web của dự án CentOS rằng người sáng lập của CentOS, Lance Davis, đã biến mất vào năm 2008. Davis had ceased contribution to the project, but continued to hold the registration for the CentOS domain and PayPal account. Tháng 8/2009, Nhóm CentOS thông báo đã liên lạc được với Davis và đã có được các tên miền centos.info và centos.org.[16]

Vào tháng 7 năm 2010, CentOS đã vượt qua Debian để trở thành bản phân phối Linux phổ biến nhất cho các máy chủ web, với gần 30% tất cả các máy chủ web Linux sử dụng nó.[17] Debian lấy lại vị trí dẫn đầu vào tháng 1 năm 2012.[18]

Tháng 1/2014, Red Hat thông báo họ trở thành nhà bảo trợ của dự án CentOS, "giúp thiết lập một nền tảng phù hợp với nhu cầu của các nhà phát triển nguồn mở tích hợp các công nghệ trong và xung quanh hệ điều hành".[19] Do những thay đổi này, quyền sở hữu thương hiệu CentOS đã được chuyển sang Red Hat,[20] iện đang sử dụng hầu hết các nhà phát triển đầu của CentOS; tuy nhiên, họ hoạt động như một phần của nhóm Open Source and Standards của Red Hat, hoạt động tách biệt với nhóm Red Hat Enterprise Linux.[4] Một ban quản trị mới của CentOS cũng được ra mắt.[5]